Geboren in Turkije, waar hij opgroeit binnen het criminele circuit. Wordt smokkelaar tussen zijn land en Bulgarije. Krijgt in Syrië een opleiding tot terrorist. Terug in eigen land sluit hij zich aan bij de nationalistische beweging de Grijze Wolven.
 
Vermoordt in 1979 Abdi Pekçi, uitgever van een linkse krant, in Istanbul. Vlucht naar Bulgarije, waar de Bulgaarse geheime dienst hem opdracht geeft de paus te vermoorden, voor drie miljoen mark, aldus Agca’s eigen versie.
 
Op 13 mei 1981 pleegt hij van dichtbij een aanslag op paus Johannes Paulus II, die handenschuddend tussen de bezoekers van het plein loopt.  Agca lost twee schoten. De paus raakt levensgevaarlijk gewond maar herstelt snel. Al vier dagen later bidt hij vanaf zijn ziekbed voor de dader, die hij zegt zijn daad vergeven te hebben.
 
Agca verklaart lid te zijn van het Popular Front for the Liberation of Palestine, maar dat is volgens de organisatie een leugen. Ook de Bulgaren ontkennen elke betrokkenheid en er zijn geen redenen om aan te nemen dat zij Agca tot zijn daad hebben aangezet. Wel zijn er vermoedens dat hij handelde in opdracht van een Oost-Europese communistische organisatie.
 
De paus vergeeft Agca zijn daad en gaat in 1983 een gesprek met hem aan. De inhoud van het gesprek is onbekend.
 
In het jaar 2000 wordt Agca in zijn eigen land vastgezet.
 
In het boek dat de Paus in 2004 publiceert (Herinnering en Identiteit) kijkt hij terug op de gebeurtenis.  Tijdens de presentatie wordt bekend dat Agca de paus regelmatig brieven stuurt vanwege een obsessie met het Mysterie van Fatima.
 
Volgens de paus is zijn leven gespaard door Maria - die in 1917 in Fatima was verschenen. Agca zou intussen zelf ook tot de overtuiging gekomen zijn dat het mislukken van de moordaanslag hieraan te wijten is.