Op 19 september 1941 bereiken de Duitse legers Kiev. Vele inwoners zijn aanvankelijk blij met de komst van de Duitsers: zij menen dat deze hen van Stalin’s onderdrukking kan verlossen.
Op 24 september ontploft een eerste bom in de stad bij het Duitse hoofdkwartier. Vier dagen lang vinden bomexplosies plaats.
De Duitsers geven de in de stad wonende joden de schuld. Later zal blijken dat Sovjets met de bommen weerstand wilden bieden aan de bezetting.
Op 28 september ligt een plan klaar van de Duitsers: alle joden moeten zich met documentatie, warme kleren en kostbare bezittingen op 29 september melden. Wie zich niet meldt zal worden omgebracht.
De meeste joden menen dat hen het lot van deportatie staat te wachten, maar dat hebben ze mis.
Tienduizenden joden melden zich. Uren staan zij in de rij om de joodse begraafplaats binnen te gaan. Eenmaal binnen moeten zij hun spullen afstaan en zich uitkleden. Daarna worden zij in kleinere groepjes om het leven gebracht. Dat gebeurt in bij het ravijn Babi Yar. Zij worden vervolgens in het ravijn gegooid.
Op 29 en 30 september worden op deze manier ruim dertigduizend joden om het leven gebracht.
Een van de weinige overlevenden zegt later dat zij ‘naar beneden keek en mijn hoofd leek te drijven, ik leek omhoog te worden gestuwd, beneden mij was een zee van lichamen, helemaal bedekt met bloed’.
Na de joden volgen de zigeuners en de patiënten van het Pavlov Psychiatrische Ziekenhuis in de stad. Ook Russische gevangenen staat dit lot te wachten.
De massamoord neemt maanden in beslag. Naar schatting zijn uiteindelijk zo’n honderdduizend mensen om het leven gebracht.
In 1943 maakt het Rode Leger zijn opmars naar het westen. De Duitsers besluiten op dat moment dat het bewijs voor de genocide in het ravijn van Babi Yar vernietigd moet worden. Zij kiezen ervoor dat gevangenen uit het nabij gelegen concentratiekamp Syretsk het werk moeten opknappen. Honderden van hen zijn joods. Een deel moet werken aan het opgraven van de lichamen. Vervolgens moeten de lichamen worden nagekeken op eventueel aanwezig goud. Ook kleding moet worden verwijderd. De nazi’s hadden bij de eerste moordpartij besloten mensen met kleren aan het ravijn in te schieten, om het werk sneller af te maken.
De lichamen worden met hout op elkaar gestapeld. Zo’n tweeduidend lichamen worden tegelijk verbrand. De botten moeten daarna worden verzameld en naar de joodse begraafplaats worden gebracht, waar bestaande graven worden gebruikt om ze te dumpen. De gevangenen zijn weken bezig met hun taak.
Ondertussen beramen zij een plan om te ontsnappen, met behulp van de attributen die zij vinden tijdens hun werk zoals sleutels en scharen. Zij stellen hun plan in werking, maar slechts een klein groepje weet inderdaad te ontsnappen.
De dichter Yevgeny Yevtushenko heeft over de gebeurtenissen in het ravijn Babi Yar een gedicht geschreven.
De vernietiging van de joden van Kiev in Babi Yar staat symbool voor de barbaarse en onmenselijke methoden van de Duitsers. Kiev wordt op 9 november 1943 bevrijd.