Hij werd geboren als Louis de Jong in Amsterdam. De Jong studeerde Sociale Geografie en Geschiedenis aan de Universiteit van Amsterdam. Vlak voor de Tweede Wereldoorlog werkte hij op de buitenlandredactie van De Groene Amsterdammer. Al snel na het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog vreesde De Jong voor zijn leven vanwege zijn joodse afkomst en zijn werkzaamheden als journalist. Hij vluchtte met zijn echtgenote naar Londen, waar hij zijn journalistieke werk voortzette. Echter zijn ouders en tweelingbroer Sally waren een ander lot beschoren. Zij kwamen allen om tijdens de oorlog. Het was een publiek geheim dat de journalist zijn leven lang heeft rondgelopen met een schuldgevoel ten aanzien van zijn familie.

Lou de Jong is één van de bedenkers van het Rijksinstituut voor Oorlogsdocumentatie (RIOD, tegenwoordig Nederland Instituut voor Oorlogsdocumentatie NIOD), dat reeds op 15 september 1945 werd opgericht. De herinnering aan oorlog en leed waren in die dagen nog vers. De Jong werd directeur en dat bleef hij tot 1979.

Van 1960 tot 1965 was Lou de Jong presentator was De Bezetting. Voor het eerst werd op televisie uitgebreid aandacht besteed aan de oorlogsjaren. Eiind jaren zeventig beschuldigde De Jong kamerlid Willem Aantjes van lidmaatschap van de Waffen-SS. Later bleek dit onjuist. Aantjes was wel lid geweest van de Germaansche SS.

Na zijn loopbaan als directeur van het instituut schreef hij als historicus het werk Het Koninkrijk der Nederlanden in de Tweede Wereldoorlog, een veertiendelig werk dat verslag doet van Nederland en Nederlands-Indië tijdens de Tweede Wereldoorlog. Overigens roept dit werk nog altijd discussie op. De Jong staat bekend om zijn rigoreuze werkwijze en bleef altijd bij zijn gelijk. Hij liet weinig tot geen ruimte voor aanpassingen en correcties. Overigens wordt De Jong wel zeer gerespecteerd, ondanks eventuele onjuistheden. Zijn bijdrage aan het in beeld brengen van de oorlog is enorm geweest. Bovendien wist hij bij elke publicatie nieuw nieuws te brengen ten aanzien van de oorlogsjaren in ons land.